La cripta originariamente si sviluppava a ferro di cavallo attorno alla tomba dei Cardinali Farnese:
Alessandro, fondatore della Chiesa, e Odoardo, fondatore della Casa Professa. Nel 1843, a causa del
rifacimento dell’Altare Maggiore, fu necessario rafforzare
le strutture di sostegno; ciò ha comportato lo sbarramento del corridoio di congiunzione dei
due bracci principali della cripta.
La Cripta dei Generali è posta in corrispondenza della primitiva
sistemazione dell’urna di S. Ignazio nel Tempio Farnesiano ed è
preceduta da una, più ampia, che accoglie le sepolture di altri Padri
e alcuni ossari. In ossequio alla povertà, le salme venivano sistemate
in semplicissimi feretri di legno e poste negli stretti loculi,
tamponati con mattoni e stuccati con calce, su cui a carbone
veniva scritto il nome del defunto e il grado.
In questa Cripta sono stati sepolti tutti i Generali della Compagnia
di Gesù, fino alla soppressione, avvenuta nel 1773. L’ultimo
generale, morto prigioniero a Castel S. Angelo, fu il P. Lorenzo
Ricci. (della prima Compagnia mancano i corpi del P. Giacomo
Lainez, e
san Francesco Borgia,
rispettivamente primo e terzo
successore di
sant'Ignazio di Loyola,
i cui corpi furono trasportati a Madrid,
dove in gran parte andarono distrutti durante la Guerra civile
spagnola).
Della ricostituita Compagnia di Gesù (1814) si conserva
qui la tomba del P. Fortis; il suo successore, il servo di Dio
P. Jan Roothan, è sepolto nella Cappella del Crocifisso, come pure
il P. Pedro Arrupe (gen. dal 1965 al 1983). Gli altri, eccetto il
P. Anderledy, sepolto a Fiesole, sono stati inumati nella Tomba
dei Gesuiti al Cimitero del Verano.